Las comunidades autónomas destinarán estos fondos, según está previsto, a programas de mejora del Sistema Nacional de Salud: programas de mejora de la prestación farmacéutica, de promoción de la salud y prevención, de desarrollo de la receta electrónica, de mejora en la atención de pacientes crónicos, de nuevas medidas de farmacovigilancia o programas de desarrollo de la receta electrónica, entre otros.
Los créditos se distribuirán en aplicación de la disposición adicional sexta de la Ley de Garantías y uso Racional de los Medicamentos y Productos Sanitarios. Esta disposición prevé que la industria farmacéutica realice aportaciones al Sistema Nacional de Salud en función de su volumen de ventas. El destino de estos fondos es, por un lado, la investigación clínica, para lo que se destinan al Instituto de Salud Carlos III. Por otro, la financiación de políticas de cohesión y educación sanitaria, para favorecer el uso racional de los medicamentos.
La distribución se realizará según lo acordado por Ministerio y Comunidades en el Pleno del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud y se realizará del siguiente modo:
Programas de cohesión sanitaria y uso racional del medicamento:
| Comunidad autónoma | IMPORTE TOTAL (€) |
| Andalucía | 3.698.202,22 |
| Aragón | 609.772,63 |
| Asturias (Principado de) | 493.488,47 |
| Baleares (Islas) | 516.713,20 |
| Canarias | 951.038,36 |
| Cantabria | 290.223,01 |
| Castilla y León | 1.113.173,59 |
| Castilla-La Mancha | 933.106,25 |
| Cataluña | 3.309.624,33 |
| Comunidad Valenciana | 2.207.303,56 |
| Extremadura | 511.705,39 |
| Galicia | 1.226.700,00 |
| Madrid | 2.842.464,85 |
| Murcia | 674.950,61 |
| Navarra | 314.340,53 |
| País Vasco | 989.833,91 |
| Rioja | 173.281,14 |
| Ceuta | 71.750,90 |
| Melilla | 72.327,05 |
| Total | 21.000.000 |
Por otro lado, se ha aprobado la distribución de 830.000 euros que se destinarán al desarrollo del Plan Nacional de Donación de Médula Ósea. España alcanzará los 250.000 donantes de médula al finalizar este año, según las previsiones de la Organización Nacional de Trasplantes (ONT) y el Registro Español de Donantes de Médula Ósea (REDMO). Esto dato muestra el éxito del Plan de la ONT y las CC AA, que se ha propuesto como siguiente objetivo alcanzar los 400.000 donantes en 2020. El Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad ha destinado al desarrollo de este plan 830.000 euros anuales desde 2013, año en el que se puso en marcha.
También según lo acordado por Ministerio y Comunidades en el Pleno del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud, el reparto se realizará del siguiente modo:
Plan Nacional de Donación de Médula Ósea:
| Comunidad autónoma | IMPORTE TOTAL (€) |
| Andalucía | 189.835,92 |
| Aragón | 6.433,25 |
| Asturias | 5.410,91 |
| Islas Baleares | 5.615,10 |
| Canarias | 9.433,57 |
| Cantabria | 3.623,85 |
| Castilla y León | 10.859,02 |
| Castilla - La Mancha | 9.275,92 |
| Cataluña | 186.419,64 |
| Comunidad Valenciana | 20.478,32 |
| Extremadura | 5.571,07 |
| Galicia | 11.857,11 |
| Madrid | 182.312,50 |
| Murcia | 7.006,28 |
| Navarra | 3.835,89 |
| País Vasco | 166.024,65 |
| Rioja, La | 2.595,73 |
| Ceuta | 1.703,10 |
| Melilla | 1.708,17 |
| TOTAL | 830.000 |
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